《孤岛危机2》（Crysis 2）的故事发生在前作事件三年后的2023年，场景从郁郁葱葱的丛林转移到高楼林立的纽约城。游戏的主线是外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家需要扮演一名超级士兵，使用先进的纳米战斗服来阻止这场针对人类世界的巨大威胁。
在游戏中，玩家将扮演名为“Alcatraz”的海军陆战队队员，他在运输途中遭遇外星人袭击并处于死亡边缘，但被Prophet所救。Prophet感染了外星病毒，成了类似于活死人/walking dead的存在，并将纳米服给了Alcatraz，希望他能够继续战斗。然而，Prophet在中期去世，留下他的意识保存在纳米服中，指导Alcatraz继续对抗外星人。
游戏的主战场是纽约，由于外星病毒感染，纽约的居民被迫疏散，使得纽约成为了一座“孤岛”。玩家将在曼哈顿金融区展开战斗，并在废墟中收集外星人DNA样本。随着游戏的进行，玩家会发现更多关于Crynet公司的秘密，以及他们与外星生物科技的联系。
最终，玩家需要利用纳米服的隐身、装甲和力量能力，以及解锁的新能力，来对抗外星人的进攻，并找到阻止它们毁灭人类的方法。
总的来说，《孤岛危机2》延续了前作科幻游戏风格，故事情节继承了上代作品，但内容与一代也有很大变化，从秘密的丛林作战转向了公开、大规模的现代城市战争。游戏通过纽约这一现代都市背景，展现了人类在面对外星入侵时的末日战争场景。
